AWS. CLI. Setup S3 SSE for all buckets

Это появилось в aws cli с какой-то версии, проверяйте что бы в списке aws s3api была команда

put-bucket-encryption.

Ну и простой перебор:

#!/bin/bash
A=$(aws s3 ls|cut -d " " -f 3)
for i in $A
do
 echo $i
 aws s3api put-bucket-encryption --bucket ${i} --server-side-encryption-configuration='{"Rules": [{"ApplyServerSideEncryptionByDefault": {"KMSMasterKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:ACCOUNT_NUMBER:alias/aw
s/s3","SSEAlgorithm": "aws:kms"}}]}'
done

замените ACCOUNT_NUMBER на свой номер аккаунта, регион на свой да и имя ключа может быть другим.